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Ethan Burke è un agente dello United States Secret Service che, durante la ricerca di due agenti federali scomparsi, fa un incidente in macchina e perde i sensi. Si risveglia in ospedale e qui conosce l'infermiera Pamela Pilcher, quest'ultima gli dice che si trova ricoverato a Wayward Pines, una piccola cittadina dell'Idaho. Ethan si dirige verso la stazione della polizia con l'intenzione di recuperare i propri oggetti personali persi durante l'incidente, ma quando vi arriva lo sceriffo afferma di non possederli e lo invita ad andarsene. Colpito dal poco aiuto ricevuto dai servizi e non capendo ancora bene il motivo per cui si trovi lì, Ethan inizia ad esplorare il paese facendo conoscenza dei cittadini ed aumentando ancora di più la propria confusione: gli abitanti appaiono freddi, insensibili, quasi pazzi e divagano a qualsiasi richiesta di informazioni del protagonista.

Tutti vivono apparentemente sereni, ognuno con il proprio mestiere da svolgere in questo paese che sembra un'imitazione del modello della classica cittadina americana.

Le regole di Wayward Pines sono poche e relativamente inusuali: "Non provare ad andare via. Non parlare del passato. Non parlare della tua vita precedente. Rispondi sempre al telefono se squilla. Lavora sodo, sii felice. Goditi la vita a Wayward Pines". Ethan scopre inoltre che l'intera zona è ripresa da telecamere a circuito chiuso e nei cespugli del paese sono nascoste delle piccole casse che riproducono il rumore di insetti e uccelli. Colpito dalle numerose stranezze, il protagonista ruba una macchina motivato a scappare dall'inquientante cittadina ma, dopo vari chilometri percorsi tra strade di campagna costeggiate da pini, l'unico punto in cui giunge è nuovamente l'entrata di Wayward Pines. Egli sembra destinato a dover rimanere imprigionato in quel luogo, ma non si dà comunque per vinto ed userà tutte le sue capacità da agente per scoprire i misteri che si celano dietro Wayward Pines e soprattutto per quale motivo egli vi si trovi segregato all'interno. Per farlo dovrà anche appellarsi ai propri ricordi: si accorgerà, infatti, che molti avvenimenti del suo passato sono in qualche modo collegati alla sua condizione attuale. Ben presto l'agente scoprirà il terribile segreto che si nasconde dietro la cittadina.